Grupo Oncoclínicas

Testes Somáticos

A busca por tratamentos cada vez mais individualizados é o novo desafio da oncologia. Anualmente, dezenas de novas drogas são desenvolvidas, voltadas para alterações moleculares oncogênicas das células malignas. Em paralelo, os estudos clínicos com novos medicamentos contra o câncer estão em rápida evolução, focando em pacientes cujos tumores apresentem as alterações moleculares alvo e que, por essa razão, tenham a maior probabilidade de resposta a dada terapia. Trata-se do conceito de terapia-alvo baseada na genômica do câncer, que já é uma realidade em praticamente todos os tipos de tumores.

A avaliação do material é realizada utilizando-se de ferramentas avançadas e exclusivas de bioinformática, muito precisas na análise de variantes gênicas, resultando em um laudo completo e instrutivo que contribuirá na assertividade do tratamento oncológico.

Painel Pan-Tumor Somático: GS 180

O GS 180 é nosso painel somático amplo que analisa alterações na sequência do DNA e RNA do tumor, tais como mutações, amplificações, deleções e fusões. O achado de alterações que afetam a função de determinados genes indica oportunidades de tratamento com drogas-alvo ou imunoterapia. Ou seja, o tratamento de cada paciente é modelado de acordo com o perfil das alterações genômicas encontradas.

Este painel inclui a análise de mais de 180 genes incluindo todas as alterações moleculares que orientam terapias-alvo aprovadas para uso no Brasil ou em fases de avançadas de pesquisa clínica. Os resultados do GS 180 são apresentados em um formato que facilita a interpretação e seleção de tratamentos personalizados. Uma equipe altamente especializada de patologistas, oncologistas, oncogeneticistas, biólogos moleculares e bioinformatas da OC Precision Medicine está sempre disponível para auxiliar a equipe médica na interpretação dos resultados.

Número de genes 180 (Todos biomarcadores ANVISA e pesquisa clínica)
Análise de mutações (DNA, 142 genes)
DDR genes
(Reparo de danos no DNA)
(BRCA1, BRCA2, ATM, PALB2, RAD50, RAD51B, RAD51C, RAD51D, MSH2, MSH6, MLH1, PMS2,...)
Alterações em
número de cópias
(DNA, 90 genes)
Fusões (RNA, 57 genes)
MSI
(Instabilidade de Microssatélites)
(Confirmado por PCR)
TMB
(Carga Mutacional Tumoral)
(Alto se > 15 mutações/megabase)

Highlights técnicos
Material tumoral emblocado em parafina.
Metodologia Archer™ com Illumina™ NGS.
O teste é validado para amostras com 20% ou mais de celularidade do tumor e menos de 10% de necrose, mínimo 200 ng de DNA e 250 ng de RNA.
Limite de detecção de 5% frequência alélica mutada.

Tempo de entrega de resultados (TAT): 20 dias a partir da chegada do bloco.

Genes avaliados
Entre outras, detalhamos as alterações genômicas acionáveis cobertas pelo GS 180 e que serão reportadas em casos de positividade:

ALK fus/mut ATM mut ATR mut
BRAF mut BRCA1/2 mut BRIP1 mut
CD274 ampl CDK4 ampl CHEK1/2 mut
EGFR mut ERBB2 ampl/mut ESR1 mut
EZH2 mut FGFR2/3 fus/mut FLT3 mut
IDH1/2 mut JAK1/2/3 mut KIT mut
KRAS mut MET fus/mut/ampl MLH1 mut
MSH2 mut MSH6 mut NF1 mut
NRAS mut NRG1 fus NTRK1/2/3 fus
PALB2 mut PDGFRA/B mut/fus PIK3CA mut
POLE mut PMS2 mut PTEN mut
PTCH1 mut RAD50 mut RAD51B/C/D mut
RET fus/mut ROS1 fus SMO mut

Detalhamento de todos os genes avaliados pelo GS 180
Mutações (DNA)

ABL1 AKT1 AKT2 AKT3
ALK APC AR ARID1A
ATM ATR ATRX AURKA
B2M BAP1 BARD1 BRAF
BRCA1 BRCA2 BRIP1 CCND1
CCND2 CCNE1 CD274 CDH1
CDK4 CDKN2A CDKN2B CHD1
CHEK1 CHEK2 CIC CSF1R
CTNNB1 DAXX DDR2 DDX3X
EGFR EP300 ERBB2 ERBB3
ERBB4 ERCC2 ESR1 EZH2
FBXW7 FGF19 FGFR1 FGFR2
FGFR3 FLT3 FOXA1 FOXL2
FUBP1 GNA11 GNAQ GNAS
H3F3B HNF1A HRAS IDH1
IDH2 IGF1R JAK1 JAK2
JAK3 KDM6A KDR KEAP1
KIT KLF4 KMT2C KRAS
LZTR1 MAP2K1 MAP3K1 MDM2
MDM4 MED12 MEN1 MET
MLH1 MPL MRE11A MSH2
MSH6 MYC MYCL MYCN
NBN NF1 NF2 NKX2-1
NOTCH1 NOTCH2 NPM1 NRAS
PALB2 PBRM1 PDGFRA PIK3CA
PIK3R1 PMS2 POLE PPP2R1A
PRKCA PRKD1 PTCH1 PTEN
PTPN11 RAD50 RAD51B RAD51C
RAD51D RAD54L RB1 RET
RHOA RNF43 ROS1 SDHB
SETD2 SMAD2 SMAD4 SMARCA4
SMARCB1 SMO SRC STAG2
STK11 SUFU SUZ12 TERT
TGFBR2 TP53 TP63 TRAF7
TSC1 TSC2 TSHR VHL
XRCC2 XRCC3

Variações no número de cópias (DNA)

ABL1 ALK APC ARID1A
ATM ATRX AURKA BRCA1
BRCA2 CCNB1 CCND2 CCND3
CCNE1 CDH1 CDK4 CDK6
CDKN2A CIC DAXX DDR2
DDX3X EGFR ERBB2 ERBB3
ERBB4 FBXW7 FGF19 FGFR1
FGFR2 FGFR3 FLT3 FOXL2
GLI2 GNAS JAK2 JAK3
KDR KEAP1 KIT KRAS
MAP2K1 MAP3K1 MDM2 MDM4
MEN1 MET MITF MSH6
MYC MYCN NF1 NF2
NKX2-1 NOTCH1 NRAS PDGFRA
PIK3CA PIK3R1 POLE PTCH1
PTEN RB1 RET RNF43
SDHB SMAD4 SMARCA4 SMARCB1
SMO STAG2 STK11 SUFU
TERT TP53 TP63 TSC1
TSC2 VHL

Fusões (RNA)

AKT3 ALK ARHGAP26 AXL
BRAF BRD3 BRD4 EGFR
ERG ESR1 ETV1 ETV4
ETV5 ETV6 EWSR1 FGFR1
FGFR2 FGFR3 FGR INSR
JAZF1 MAML2 MAST1 MAST2
MET MSMB MUSK MYB
NOTCH1 NOTCH2 NRG1 NTRK1
NTRK2 NTRK3 NUMBL NUTM1
PDGFRA PDGFRB PIK3CA PKN1
PPARG PRKCA PRKCB RAF1
RELA RET ROS1 RSPO2
RSPO3 TERT TFE3 TFEB
THADA TMPRSS2

Testes/painéis dirigidos

O teste das mutações somáticas é um exame que utiliza o material coletado na biópsia de tumor para identificar alterações específicas em genes de interesse clínico. O método requer uma pequena amostra que deve ser retirada durante a biópsia diagnóstica ou cirurgia e fixada em um bloco de parafina para conservação.

Highlights técnicos
As análises de mutações em KRAS (hotspots em éxons 2, 3 e 4), NRAS (hotspots em éxons 2, 3 e 4), BRAF (códon V600) e EGFR (éxons 18, 19, 20 e 21) são realizadas por metodologia RT-PCR pela plataforma COBAS (Roche). Resumidamente, o DNA é extraído a partir de uma amostra de tumor embebida em parafina fixada em formalina (FFPE) após revisão histológica para macrodissecção do tumor. O DNA então é submetido a análise na plataforma COBAS em cartuchos específicos para cada gene.

Tempo de entrega de resultados (TAT): 5 dias a partir da chegada do bloco.

Exon EGFR Mutation Group
Exon 18 G719X
Exon 19 Ex19Del
Exon 20 S768I
T790M
Ex20Ins
Exon 21 L858R
L861Q
Exon BRAF Mutation Group
Exon 15 V600E
V600D
V600K
V600R
Exon NRAS Mutation Group
Exon 2 G12D
G12C
G12S
G12A
G12V
G13D
G13R
G13V
Exon 3 A59T
Q61K
Q61R
Q61L
Q61H
Exon 4 K117N
A146T
A146V
Exon KRAS Mutation Group
Exon 2 G12C
G12R
G12S
G12A
G12D
G12V
G13D
Exon 3 A59E
A59G
A59T
Q61K
Q61K
Q61L
Q61R
Q61H
Q61H
Exon 4 K117N
K117N
A146P
A146T
A146V

Pesquisa de mutação do gene PIK3CA

Análise somática NGS full exon específica para gene PIK3CA com alterações de alta relevância clínica dos tipos SNV e indels.

Highlights técnicos
Material tumoral emblocado em parafina.
Metodologia Qiagen com plataforma Illumina NGS.
O teste é validado para amostras com 20% ou mais de celularidade do tumor e menos de 10% de necrose, mínimo 100 ng de DNA.
Limite de detecção de 5% freqüência alélica mutada.

Tempo de entrega de resultados (TAT): 15 dias a partir da chegada do bloco.

Mutações somáticas por NGS (Next Generation Sequencing): BRCA1 e BRCA2

Tempo de entrega de resultados (TAT): 15 dias a partir da chegada do bloco.

Painel Somático GS Focus AMPLIADO

O teste GS Focus é o nosso painel somático específico para genes com alterações de alta relevância clínica dos tipos SNV e indels. Este painel inclui 23 genes dos quais identificamos alterações moleculares que orientam terapias-alvo aprovadas inclusive para uso no Brasil. Os resultados do GS Focus são apresentados em um formato que facilita a interpretação e seleção de tratamentos personalizados. Uma equipe altamente especializada de patologistas, oncologistas, oncogeneticistas, biólogos moleculares e bioinformatas da OC Precision Medicine está sempre disponível para auxiliar a equipe médica na interpretação dos resultados.

Highlights técnicos
Material tumoral emblocado em parafina;
Metodologia Qiagen com plataforma Illumina NGS;
O teste é validado para amostras com 20% ou mais de celularidade do tumor e menos de 10% de necrose, mínimo 100 ng de DNA;
Limite de detecção de 5% frequência alélica mutada.

AKT1 ESR1 NRAS
ALK FGFR3 PALB2
ATM HRAS PDGFRA
BRAF IDH1 PIK3CA
BRCA1 IDH2 POLE
BRCA2 KIT RET
EGFR KRAS TP53
ERBB2 MET exon 14

Tempo de entrega de resultados (TAT): 15 dias a partir da chegada do bloco.

ALK
BRAF
EGFR
ERBB2
KRAS
MET exon 14

AKT1
BRCA1
BRCA2
ERBB2
ESR1
PALB2
PIK3CA

BRAF
KRAS
NRAS

IDH1
IDH2

KIT
PDFGRA

BRAF
RET

ATM
BRCA1
BRCA2

POLE
TP53

Metilação do gene MGMT

A metilação do DNA resulta normalmente no silenciamento dos genes através da inibição direta ou indireta da ligação dos fatores de transcrição devido ao processo de metilação. O silenciamento epigenético do gene MGMT por hipermetilação da região promotora, tem se mostrado como um fator preditivo relevante de resposta ao tratamento com terapia alquilante em pacientes com gliomas. A enzima MGMT é crucial no processo de reparo do DNA e estudos tem demonstrado que uma vez que apresente a expressão reduzida, normalmente resultante da metilação na região promotora, pacientes com gliomas, podem se beneficiar de terapias baseadas em Temozolamida. Para avaliar o status de metilação de MGMT, o DNA extraído de amostras tumorais emblocadas em parafina é submetido ao tratamento com bissulfito de sódio para conversão de citosinas não metiladas em uracilas (detectadas como timinas posteriormente), mantendo as citosinas metiladas inalteradas. Para análise, utilizamos a metodologia de MSP (Methylation Specific PCR).

Tempo de entrega de resultados (TAT): 10 dias a partir da chegada do bloco.

Reporte/Laudo

O relatório do Painel GS180 amplo possui laudos customizados e simplificados para serem mais facilmente compreendidos, contendo:

Conteúdo dividido em tabelas com níveis de evidência para acionabilidade das alterações encontradas
Indicações clínicas contendo bandeiras de aprovação da ANVISA para fármacos disponíveis no Brasil
Informações técnicas e contatos com a linha direta local para esclarecer dúvidas com patologista, biólogo molecular, oncologista e geneticista clínicos

GRUPO ONCOCLíNICAS. SUA VIDA, NOSSA VIDA.

Responsável técnico: Dr. Bruno Lemos Ferrari | CRM-MG 26609